Gdy Harold, król Zasiedmiogórogrodu i ojciec Fiony, zaczyna ciężko chorować, jego zastępcą w wykonywaniu obowiązków zostaje Shrek, który nieudolnie wykonuje powierzone mu zadania. Na łóżu śmierci król wyjawia, że jedynym prawowitym dziedzicem tronu – oprócz Shreka – jest kuzyn Fiony, Artur. Wraz z Osłem i Kotem w butach wyruszają na poszukiwania chłopaka. Tuż przed wypłynięciem w podróż, Fiona informuje Shreka, że jest w ciąży. Gdy ekipa znajduje Artura, chłopak informuje, że nie chce zostać królem, bo – jak twierdzi – nie nadaje się do objęcia tronu.

Tymczasem Książę z Bajki, wyśmiewany przez mieszkańców Zasiedmiogórogrodu, namawia „złe” postaci z bajek do przeprowadzenia zamachu stanu w królestwie. Zleca porwanie Fiony i jej przyjaciółek (Kopciuszka, Śpiącej Królewny, Królewny Śnieżki i Doris, siostry przyrodniej Kopciuszka) oraz matki, królowej Lillian, a także planuje zabójstwo Shreka podczas spektaklu teatralnego, który wystawia wspólnie z Roszpunką. W trakcie przedstawienia na pomoc ogrowi przylatuje Smoczyca wraz z Osłem, Kotem w butach i kompanami, którzy chcą uratować Shreka. Ostatecznie pojawia się Artur, który zachęca „złe” postaci z bajek do zmiany swego dotychczasowego życia. Artur zostaje nowym królem.